後鳥羽天皇を祭神とし崩御700年に合わせて建てられた神社。後鳥羽天皇は1221年に北条義時追討を謀り挙兵（承久の乱）しましたが敗れ、隠岐に配流の身となりました。今も島では“ごとばさん”と呼ばれ親しまれる大切な存在。後鳥羽天皇の山陵、御火葬塚に隣接して建設された隠岐神社には、崩御された後鳥羽天皇のご遺骨の一部が納められています。